בשנת 1848 בוטל האיסור שהטילו שלטונות הונגריה על מגורי יהודים בערי מיכרות, ובשנות השישים למאה ה- 19 נתגבשה קהילה במקום. בשנת 1862 הוקמה חברה קדישא. בית הכנסת הראשון נחנך רק באמצע שנות השמונים.
בעקבות עלילת-הדם בעיר טיסה-אסלאר (1882), תקף המון מוסת את בתי היהודים ושדד אותם.
קהילת באיה מארה הייתה מרכז חסידי של חסידי סאטמאר; ובתקופה שבין שתי מלחמות העולם התנהלה בה פעילות ציונית ענפה.
ב-1930 מנתה האוכלוסיה היהודית יותר מאלפיים נפש, בתוך כ-14 אלף תושבי העיר.
בימי מלחמת העולם השנייה באו לבאיה מארה יהודים מיישובים קטנים בסביבה וב-1941 – היה מספר היהודים בעיר 3,623 מתוך כ-21,500 תושבים.
בגיטו שהוקם בעיר רוכזו גם יהודי הסביבה לפני שהובלו לעבודות כפייה ולמחנות-ההשמדה. המפקד ההונגרי, לויטננט-קולונל אימרה רוויצקי, שנשא במשרה בשנים הקשות ביותר, 1944- 1943, עשה רבות להצלת יהודים ושיתף פעולה עם רב הקהילה משה אהרן קראוס (1944- 1886). שמו של רוויצקי הונצח ב”יער הקדושים” ליד ירושלים.
ב-1969 ישבו במקום 120 משפחות יהודיות, כמחציתם היו מבין אלו ששבו מן המחנות בתום המלחמה.
(** מקור: בית התפוצות)