ב-12 ביוני 1941 גילה היטלר ליון אנטונסקו את ה'פתרון' שלו ל'יהודי המזרח'.

אפשר אפוא לקבוע כי בהשפעתו של היטלר, החליט אנטונסקו לגשת ל'פתרון בעיית היהודים' בבסרביה ובבוקובינה, ואיפשר שם הרג המונים.

הצבא נצטווה לאסור את היהודים בערים והז'נדרמים נצטוו להרוג כל יהודי שיימצא באזורים הכפריים. בפועל, השתתפו יחידות צבא גרמניות ורומניות בהשמדת היהודים בשני האזורים, מלווים ביחידות השמדה של הס"ס, איינצגרופה D  (עוצבת מבצע). בשלב הראשון של המבצע נרצחו כ-160,000 יהודים, בסיועה של האוכלוסייה המקומית, רומנים ואוקראינים.

ב-15 בספטמבר 1941 פקד אנטונסקו לגרש לאזור טרנסניסטריה שבין נהר הבוג לנהר הדנייסטר את הניצולים, כ-150,000 במספר.

עשרות אלפים נהרגו בדרכי הגירוש, נורו בידי המלווים הרומנים, מתו ברעב, בצמא, במחלות, בהתעללות ובאפיסת כוחות.

טרנסניסטריה הפכה לקבר אחים ליהודי רומניה, ובשנות השלטון הרומני, מסתיו 1941 עד אביב 1944, נספו שם כ-90,000 מן המגורשים.

הצבא והז'נדרמריה הרומנית השתתפו גם ברציחת עשרות אלפי יהודים מאוקראינה. העילה הרשמית לגירוש היה הרצון ל'טהר' את האזורים המשוחררים מן היסוד היהודים העוין, ששיתף פעולה עם השלטון הסובייטי (1940-1941), והתנהגותם האנטי-רומנית של היהודים בעת נסיגת הרומנים מן האזורים ההם בסוף יוני 1940.

באוקטובר גורשו גם יהודי דרום בוקובינה, שלגביהם לא ניתן היה לטעון כי שיתפו פעולה עם השלטון הסובייטי.
יון אנטונסקו עצמו נתן את פקודת הגירוש, וקבע כי בסרביה תהיה 'נקייה מיהודים', ובבוקובינה יושארו מכל כ-90,000 יהודיה רק כ- 10,000 יהודים שהיו חיוניים לכלכלת האזור.
הגרמנים לא הפעילו בעניין זה כל לחץ משום שממילא פעל אנטונסקו על פי תוכניותיהם של הנאצים באשר ליהודים.

(מקור: ביה"ס להוראת השואה – יד ושם )